3D Molekylframviser (Molekylstruktur)


Kjemiprogram - Nedlasting

Introduksjon

Er det mulig å kunne si noe om stoffenes fysiske egenskaper på grunnlag av studier av stoffenes molekylstrukturer? Det har vist seg at man med stor grad av sikkerhet kan si noe om dette forutsatt at man har litt kunnskaper om om elektronegativitet og symmetri. På denne måten kan man avgjøre molekylenes evne til å blandes med (løse seg i) andre molekyler. Uttrykket "like løser like" betyr at upolare forbindelser løser seg i upolare stoffer og at polare forbindelser løser seg i polare stoffer. Men hva er polaritet?.

Polaritet

Polaritet er et resultat av hvordan atomene i molekylet er arrangert og elektronegativiteten til disse. I ikke-ioniske forbindelser er atomene bundet sammen ved hjelp av kovalente bindinger, bindinger som i større eller mindre grad er polare.

1)Hvis alle bindingene i et molekyl er upolare vil også molekylet være upolart.(CH4)
2)Hvis alle bindingene i et molekyl har lik polaritet og er arrangert symmetrisk, vil molekylet være upolart. ( CCl4)
3) Hvis bindingene i et molekyl ikke er symmetrisk arrangert, er det måten bindingene er arrangert på som avgjør molekylets grad av polaritet. I vannmolekylet er vinkelen mellom bindingene 104.5 grader og derved ikke symmetrisk. Konsekvensen av dette er at molekylet er polart fordi den delen av molekylet hvor oksygenatomet befinner seg er litt mer negativ enn den delen av molekylet hvor hydrogenatomene befinner seg.
Fig. Vannmolekylet

Vannmolekylet


Protein databank-formatet - PDB

PDB-formatet er et 3-D filformat som opprinnelig ble benyttet til proteinstrukturer. I CHEMIX blir dette formatet i hovesak benyttet til framvising av mindre strukturer (ferre enn 2500 atomer). Det finnes store mengder av molekylstrukturer i dette formatet som kan lastes ned fra Internett. På denne måten kan man bygge opp sitt eget 3-D bibliotek. I CHEMIX befinner disse filene seg i folderen pdbfiles

Laste og framvise 3-D strukturer

CHEMIX 3-D Framviseren tillater lasting av *.pdb strukturer, rotasjon samt øke/minske molekylets og atomenes størrelser.

Størrelse Ved hjelp av disse trykknappene kan du forandre molekylets størrelse samt atomenes størrelser.

Statistikk viser statistiske data

Filinfo viser noe av det tekstinnhold som befinner seg i PDB filene f.eks. COMPND and REMARK.

  Kjemiprogram - Hjem