3D Molekylframviser (Molekylstruktur)
Kjemiprogram
- Nedlasting
Introduksjon
Er det mulig å kunne si noe om stoffenes fysiske egenskaper
på grunnlag av studier av stoffenes molekylstrukturer? Det har
vist seg at man med stor grad av sikkerhet kan si noe om dette
forutsatt at man har litt kunnskaper om
om elektronegativitet og symmetri. På denne måten kan man
avgjøre
molekylenes evne til å blandes med (løse seg i)
andre molekyler. Uttrykket "like løser like" betyr at upolare
forbindelser løser seg i upolare stoffer og at polare
forbindelser
løser seg i polare stoffer. Men hva er polaritet?.
Polaritet
Polaritet er et resultat av hvordan atomene i molekylet er arrangert
og elektronegativiteten til disse.
I ikke-ioniske forbindelser er atomene bundet sammen ved hjelp av
kovalente bindinger, bindinger som i større eller mindre grad er
polare.
1)Hvis alle bindingene i et molekyl er upolare vil også
molekylet være upolart.(CH4)
2)Hvis alle bindingene i et molekyl har lik polaritet og er
arrangert symmetrisk, vil molekylet være upolart. ( CCl4)
3) Hvis bindingene i et molekyl ikke er symmetrisk arrangert, er
det måten bindingene er arrangert på som avgjør
molekylets grad av polaritet. I vannmolekylet er vinkelen mellom
bindingene 104.5
grader og derved ikke symmetrisk. Konsekvensen av dette er at
molekylet er polart fordi den delen av molekylet hvor oksygenatomet
befinner seg er litt mer negativ enn den delen av molekylet hvor
hydrogenatomene befinner seg.
Fig. Vannmolekylet
Protein databank-formatet - PDB
PDB-formatet er et 3-D filformat som opprinnelig ble benyttet til
proteinstrukturer. I CHEMIX blir dette formatet i hovesak benyttet
til framvising av mindre strukturer (ferre enn 2500 atomer).
Det finnes store mengder av molekylstrukturer
i dette formatet som kan lastes ned fra Internett. På denne
måten kan man bygge opp sitt eget 3-D bibliotek. I CHEMIX
befinner
disse filene seg i folderen pdbfiles
Laste og framvise 3-D strukturer
CHEMIX 3-D Framviseren tillater lasting av *.pdb strukturer, rotasjon
samt øke/minske molekylets og atomenes størrelser.
Størrelse Ved hjelp av disse trykknappene kan du forandre
molekylets størrelse samt atomenes størrelser.
Statistikk viser statistiske data
Filinfo viser noe av det tekstinnhold som befinner seg i
PDB filene f.eks. COMPND and REMARK.
Kjemiprogram - Hjem